本题主要考查数列的求和。
因为$S_n=2a_n+1$,
所以$a_1=2a_1+1$,$a_1=-1$,
又因为$S_{n+1}-S_n=2a_{n+1}-2a_n=a_{n+1}$,
所以$a_{n+1}=2a_n$,
$\dfrac{a_{n+1}}{a_n}=2$,
又因为$a_1+a_2=2a_2+1$,
所以$a_2=-2$,
故$a_n=(-1)\cdot 2^{n-1}$,
故$S_n=\dfrac{(-1)(1-2^n)}{1-2}=1-2^n$,
当$n=6$时,$S_6=1-2^6=-63$,
故本题正确答案为$-63$。